Po zrušení pôvodného rozsudku z roku 1982 Najvyšším súdom ČSFR zo dňa 19.10.1990 bol spis vrátený na Krajský súd Bratislava a prípad bol pridelený senátu JUDr. Vlčeka. V máji 1991 bolo vytýčené prvé zo siedmich pojednávaní pred týmto senátom. Keby pojednávania trvali v kuse, trvali by 10 týždňov ( 49 pracovných dní ). V skutočnosti trvali s prestávkami od 13.5.1991 do 16.10.1995, teda skoro 5 rokov.
V roku 1996 bol senát JUDr. Vlčeka zrušený a od roku 1996 až do februára 2002 bol spis prideľovaný ( v niektorých prípadoch opakovane ) štyrom predsedom senátu Krajského súdu v Bratislave. Dňa 7.2.2002 bol spis pridelený senátu JUDr. Smolovej.
Prvé pojednávanie nového senátu bolo vytýčené na 25.6.2002. Dohromady bolo v rokoch 2002 až 2004 vytýčených deväť pojednávaní, ktoré trvali 27 pracovných dní.
Dohromady bolo vypočutých 55 svedkov, 5 súdnych znalcov, 8 bývalých vyšetrovateľov a 2 bývalí prokurátori. Čítali sa svedecké výpovede ďalších 83 svedkov. Napriek takému obsiahlemu dokazovaniu sa nenašiel ani jeden priamy, či nepriamy dôkaz, ktorý by nad všetku pochybnosť dokazoval vinu, kladenú obžalovaným. Naopak, bolo prejednávaných mnoho dôkazov a svedeckých výpovedí, ktoré dokazovali ich nevinu.
Dňa 20.1.2004 bol vynesený Rozsudok KS v Bratislave, v ktorom bolo Nitrania uznaní vinní a odsúdení.
Pre lepšiu predstavu uvádzame obsah pojednávaní z rokov 2002 – 2004.
Pojednávanie č.1 25.-28. 6. 2002
Prerušené.
Pojednávanie č.2 10.-13. 9. 2002
Výsluchy obžalovaných
Ing. Miloš Kocúr č.l. 2
Ing. Milan Andrášik č.l. 10
Ing. Pavel Beďač č.l. 14
Ing. František Čerman č.l. 16
Stanislav Dúbravický č.l. 17
Juraj Lachman č.l. 18
Pojednávanie č.3 1.10.-4.10. 2002
Výsluchy svedkov / 25 svedkov /
MUDr. Viera Barcíková č.l. 2 Marián Krajčí č.l. 31
Ing. Pavel Komora č.l. 11 Soňa Štílová č.l. 33
Rudolf Galo č.l. 13 Štefan Tarko č.l. 33
Marcela Bonová č.l. 16 Ivo Biss č.l. 34
Dr. Juraj Klička č.l. 18 Jozef Čulman č.l. 35
MUDr. Igor Blažko č.l. 20 Milan Cvopa č.l. 35
Ing. Zuzana Migrová č.l. 22 MUDr. Peter Osuský č.l. 36
Ing. Miroslav Vanko č.l. 22 MUDr. Marián Karvaj č.l. 36
Dr. Milan Babulic č.l. 25 MUDr. Imrich Labady č.l. 38
Ing. Dana Babulicová č.l. 26 Pavel Pavlík č.l. 39
Pavol Vereš č.l. 27 MUDr. Michal Holán č.l. 40
Iveta Žáková Kiššová č.l. 28 MUDr. Ladislav Kružlík č.l. 40
MUDr. Pavel Meliška č.l. 41
Pojednávanie č.4 14.-17. 1. 2003
Výsluchy svedkov / 17 svedkov /
Ing. Igor Urbánek č.l. 2 MUDr. Zuzana Holáňová č.l. 28
Michal Luprich č.l. 10 RNDr. Ladislav Veľký č.l. 29
Dagmar Daňová č.l. 11 MUDr. Ivona Mlynáriková č.l. 30
Jozef Šuba č.l. 12 MUDr. Oto Vozár č.l. 32
Dagmar Luprichová č.l. 13 PhDr. Bohuslava Bublincová č.l. 34
Ing. Nadežda Benová č.l. 15 Tibor Turčan č.l. 35
Peter Okenka č.l. 20 PhDr. Peter Hlavanda č.l. 37
MUDr. Jozef Škrobánek č.l. 23 Vincent Tanko č.l. 39
Ing. Imrich Beďač č.l. 39
Pojednávanie č. 5 4.-7. 2. 2003
Výsluchy svedkov a znalcov / 2 svedkovia, 2 znalci /
Sylvia Elizabeth Cohen č.l. 3
MUDr. Anna Kalašová č.l. 6
Lydia Nabeth Cohen č.l. 8
MUDr. Vladimír Porubský č.l. 12
Pojednávanie č. 6 18.-21.3. 2003
Prerušené
Pojednávanie č. 7 21.-24. 10. 2003
Výsluchy svedkov a znalcov / 7 svedkov, 3 znalci, 10 orgánov činných v tr. konaní /
MUDr. Ľubomír Vražda č.l. 3 Vladimír Varga č.l. 23
MUDr. Elena Mokrášová č.l. 6 Dr. Emil Mayerhofer č.l. 25
MVDr. Jana Freyová č.l. 7 Viliam Koza č.l. 32
Ing. Jozef Daňo č.l. 9 Milan Šimora č.l. 33
Zdenka Prieložná č.l. 10 Jozef Šimek č.l. 34
Milan Antošovský č.l. 14 Dr. Milan Valašík č.l. 36
Jarmila Bisová č.l. 15 Ján Hubcej č.l. 48
Ľubomír Lazový č.l. 16 JUDr. Vladimír Lamačka č.l. 50
Juraj Tokár č.l. 17 Ľubomír Gerbel č.l. 54
Jozef Taliga č.l. 57
Karol Tóth č.l. 58
Č.l. 21-22, čítajú sa výpovede svedkov : Hlaváčová, Bachledová, Roštárová, Kopolovičová, Prieceľ, Kissová, Vereš, Potocký, Kánik, Bublincová Anna, Beráč, Nagy, Kršák, Veselý, Zelmanová, Tomašovičová, Vamos, Tanko, Konečný, Vrbovský / 20 svedkov /
Pojednávanie č. 8 1.,2. a 5. 12. 2003
Výsluchy svedkov / 4 svedkovia /
Magdaléna Mlynarčíková č.l. 3
Ivan Mrazko č.l. 5
Alena Karásová-Miková č.l. 5
Eva Andrášiková č.l. 7
Č.l. 8-10, čítajú sa výpovede svedkov / 63 svedkov /
Č.l. 10-11, pripomienky k výpovediam svedkov : Pinter, Zervan, Pálka
Č.l. 12-13, pripomienky k výp. Doc. MUDr. Dobrotku
Č.l. 13-19, čítajú sa listinné dôkazy.
Pojednávanie č. 9 15.-16. 1. 2004
Prednášajú sa záverečné reči
Č.l. 4 zástupca KP odovzdal písomne
Č.l. 5 JUDr. Kamil Beresecký odovzdal písomne
Č.l. 5 JUDr. Alan Bohm odovzdal písomne
Č.l. 6 JUDr. Juraj Kolesár
Č.l. 10 JUDr. Ivan Schulz
Č.l. 16 JUDr. Alena Chvojková
Č.l. 20 Stanislav Dúbravický
Ing. Kocúr, Ing.Andrášik, Ing. Beďač a Ing. Čerman Odovzdali záverečné reči písomne, Lachman bol neprítomný.
Č.l.23 Vyhlásenie rozsudku.
Záverom by sme chceli opätovne poukázať na skutočnosť, že celé konanie a rozhodovanie súdov po zrušení pôvodných rozhodnutí Najvyšším súdom ČSFR je bezprecedentným porušením zásady in dubio pro reo, prezumpcie neviny, a teda čl. 6 ods. 2 Dohovoru, ako aj práva na spravodlivý proces, a to okrem ostatných uplatnených dôvodov najmä preto, že vina obvinených bola konštatovaná bez vykonania dôkazov, ktoré Najvyšší súd ČSFR požadoval vykonať. „Vinu obvinených bude možné posúdiť až po odstránení neúplnosti doterajších skutkových zistení.“ Do tohto okamihu, a teda do právoplatného preukázania viny obvinených zákonným spôsobom sa títo považujú za nevinných.
Napriek tomu KS v Bratislave, ako aj Najvyšší súd SR posúdili vinu obvinených, hoci dôkazy, ktorých vykonanie Najvyšší súd ČSFR nariadil, neboli vykonané. KS v Bratislave v odôvodnení svojho rozsudku skonštatoval, že tieto dôkazy vykonať nemohol, nijako sa však nevysporiadal s tým, prečo napriek príkazu NS ČSFR dospel aj bez vykonania týchto dôkazov k záveru o vine obvinených.